卵巢囊肿临床治疗措施较为简单，主要以手术治疗和药物治疗为主。一般而言，对于卵巢囊肿的患者，需要充分考虑患者的年龄、症状、疾病的性质、囊肿的部位、病变的体积、组织的生长速度、邻近组织的情况、有无保留生育功能的愿望等多种因素，从而确定治疗方案。

一般而言，临床上用的较多的药物以中药方剂治疗为主。其次，对于卵巢囊肿的患者而言，长期的化学药物治疗和反复的手术治疗，常常会损伤患者的机体正常细胞，降低患者的免疫能力，造成患者的痛苦，而其他的西医药物，如激素等，则是较为容易出现依赖作用，并会严重影响患者自身的其他脏腑功能。因此，中药治疗卵巢囊肿尤为起效。

中药主要是着眼于调节机体的内分泌结构，并适当加予软坚散结、活血化瘀、扶正固本等多种作用的中药，从而缓解患者的卵巢囊肿，促进患者自身吸收囊肿，进而消除病变组织。临床上较为常用的中药以海藻、白芥子、三棱、薏苡仁、桃仁、夏枯草、南星、赤芍等中药。

需要明确的是，在现代的医学技术上，对于卵巢囊肿的治疗，主要是采用手术切除的治疗措施。但是，尽管手术切除大部分可以有效根治疾病，但是对于手术治疗的卵巢囊肿患者，常常需要忍受较为剧烈的痛苦，治疗的潜在风险也相对较高，需要费用也较高，另外患者的伤口极其容易发生感染，因此，在进行手术治疗的过程中，常常会对卵巢囊肿的患者的工作和学习产生较为严重的影响。对于小型的卵巢囊肿患者，采取手术治疗相对不划算，因此，此时比较需要进行药物对症治疗。